La Confederación de Sistemas Independientes (CSI), también conocida cómo Confederación, la Alianza Separatista, el Nuevo Orden, los pro-secesionistas, o Confederación Separatista y coloquialmente cómo los Separatistas, o Seps de forma abreviada, fue un movimiento gubernamental y separatista liderado por el Conde Dooku, a.k.a. Darth Tyranus, (y secretamente por Darth Sidious) formado por varios gobiernos planetarios y sectoriales, así cómo por megacorporaciones, que declararon sus intenciones de abandonar la República Galáctica, rechazando cumplir con las tasas ejecutivas, debido a la corrupción del Senado durante la Crisis Separatista.
Finalmente, las tensiones con la República y provocaron una guerra después de que Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi, y Padmé Amidala fueran sentenciados a muerte en Geonosis y un grupo de Jedi liderado por Mace Windu fuese a rescatarles. Después de que la República revelase su ejército clon en Geonosis, los separatistas se vieron forzados a retirarse, comenzando así una gran guerra que transcurriría durante los siguientes tres años a lo largo de toda la Galaxia.
La CSI hizo que el miedo naciera en los ciudadanos de la República, especialmente debido al General Grievous, Comandante Supremo de los Ejércitos Droide. La Confederación ganó un gran número de batallas en la guerra en marcha, pero fue disuelta cuando sus líderes fueron asesinados en Mustafar, permitiendo a Palpatine reconvertir la República en el Imperio Galáctico.
En las décadas anteriores a las Guerras Clónicas, la República era vista por muchos como un gobierno fallido, plagado por corrupción y burocracia imbécil que ahogaba las voces de muchos constituyentes en el Senado Galáctico. La secesión aumentó en el periodo posterior a la crisis de Naboo, y los gremios de comercio y corporaciones mercantilistas privadas se desilusionaron de la República cuando se aprobó la ley de impuestos a las rutas comerciales lejanas de los sistemas solares.
A esta situación crítica se le sumó el Conde Dooku, un antiguo Maestro Jedi decepcionado de la República y la Orden Jedi que la servía. Esta figura carismática promovió ideas sentimentales anti-República en muchos mundos, forjando el camino de rebelión armada al gobierno. Una afiliación insegura de separatistas fue formada, con Dooku como su líder, buscando que un nuevo gobierno se impusiese en lugar de la estancada República. Eventualmente, éste movimiento separatista se estableció formalmente como la Confederación de Sistemas Independientes, una oposición a la República Galáctica.
Aunque la República reconoció que muchos de sus mundos miembros estaban en rebelión, se rehusó a reconocer formalmente la existencia de la CSI como su movimiento líder, considerando que al hacerlo legitimaría la secesión.
Las Guerras Clon
Eventualmente la Confederación lucha contra la República Galáctica a lo largo de las Guerras Clon con el objetivo de vencer a los Jedi y a los soldados clon, pero logra escasas victorias y abundantes derrotas, ya que la mayor parte de sus campañas, a pesar de empezar con buen pie, solían acabar rechazadas, como por ejemplo, la Campaña del Malevolence.
Cuando pierden al Conde Dooku en la batalla de Coruscant, quedan severamente heridos políticamente hablando. Él era el carismático guía de todos estos descontentos y oportunistas burócratas . Al mando quedó el General Grievous, que siguiendo las órdenes de Darth Sidious moviliza el Consejo Separatista al planeta Mustafar. Posteriormente, éste es destruido en Utapau por el General Obi-Wan Kenobi, con lo que la Confederación queda acéfala. Tiempo después, Darth Vader fue enviado a asesinar a los miembros separatistas en Mustafar y ordenó la desactivación de los ejércitos de droides de batalla, anulando definitivamente a la Confederación y sus ejércitos.