La Gran Guerra Sith, también conocida como la Guerra Sith, la Primera Guerra Sith, la Guerra de Freedon Nadd (4.000–3.997 ABY) y la Guerra de Exar Kun (3.996 ABY), fue un conflicto que tuvo lugar entre los años 4.000 ABY de Freedon Nadd y 3.996 ABY de Exar Kun. La Gran Guerra Sith vio el levantamiento de los Sith otra vez en contra de la Orden Jedi. Las raíces del conflicto se remontan a la caída de Freedon Nadd del camino Jedi y su ascensión a Señor Oscuro de los Sith. Finalmente, su influencia oscura fue descubierta en el planeta Onderon y la siguiente batalla vio la ruptura temporal de la retención de Nadd en el remoto planeta. Esta lucha contra el resurgente poder de los Sith fue un aviso para los Jedi que algo siniestro se avecinaba iniciando las Antiguas Guerras Sith en el año 4.000 ABY.
Pero la influencia de los Sith reapareció otra vez durante la Revuelta de Freedon Nadd, quién se las arregló para establecer las bases para los Krath para crecer en poder e influencia. Usando el conocimiento Sith que habían obtenido de Nadd y sus seguidores de Onderon, los Krath provocaron un sangriento golpe de estado en el sistema Emperatriz Teta y empezaron una serie de campañas dirigidas al espacio de la República Galáctica. Después de unas cuantas derrotas a manos de los Krath, el Caballero Jedi Ulic Qel-Droma contó a la Orden Jedi que se infiltraría entre los Krath y los destruiría desde dentro. Durante su misión de incógnito, Ulic cayó al lado oscuro y se alió con otro Jedi caído, llamado Exar Kun. Finalmente, Kun se proclamó el nuevo Señor Oscuro de los Sith con Qel-Droma como su aprendiz y juntos llevaron a la Galaxia a la nueva era Sith.
Con sus aliados, Exar Kun y Ulic Qel-Droma lanzaron una serie de fatales campañas contra la República, hasta llegar al corazón de la Galaxia, Coruscant. Después de esta batalla, Kun y Qel-Droma lanzaron un ataque a Ossus, con la intención de saquear los artículos Jedi del planeta. Pero la batalla de Ossus vio la derrota de las fuerzas Sith, la captura de Ulic Qel-Droma y la retirada de Kun a su base en Yavin 4. Destrozado y humillado, Qel-Droma aceptó liderar las fuerzas de la República y los Jedi hacia Yavin 4, en un intento de derrotar a Exar Kun. Con el esfuerzo de los Jedi, Kun fue derrotado y la Gran Guerra Sith llegó a su fin