Nute Gunray era un neimoidiano que sirvió como Ministro temporal de la Federación de Comercio hasta que obtuvo el poder sobre el consorcio tras la Guerra Hiperespacial de Stark en el 44 ABY, y eventualmente se convirtió en Virrey de la Federación de Comercio. En el 32 ABY, Gunray participó en la ocupación de Naboo con el Ejército de la Federación para arreglar una disputa comercial que se había gestado en el Senado Galáctico. Con ayuda de Darth Sidious, Gunray invadió el planeta para resolver la disputa y asegurar además todas las instalaciones en la capital Theed. Intentó obligar a la Reina de Naboo Padmé Amidala a firmar un conveniente tratado que legalizaría la invasión, pero su negación a hacerlo propició la continuación del Asedio de Naboo. La Federación de Comercio acabó por rendirse ante las fuerzas de Naboo tras la Segunda Batalla de Theed. Gunray fue llevado a la capital de la República Galáctica, Coruscant, donde se le enjuició por sus instigaciones a la guerra.
Durante la Crisis Separatista que se dio tras la Invasión de Naboo, Gunray confrontó al ex Maestro Jedi Conde Dooku, que comenzó un movimiento con miras a secesionarse de la República. Dooku, que era en secreto el Aprendiz Sith de Sidious con el nombre de Darth Tyranus, lo respaldó a lo largo de sus cuatro audiencias en la Suprema Corte, y después de los juicios, Gunray logró conservar su puesto de Virrey. Con el liderazgo de Gunray, la Federación de Comercio se unió a la iniciativa separatista de Dooku y Gunray fue designado como Jefe del recién conformado Consejo Separatista, con lo que se estableció el Ejército Separatista. Gunray, junto con Dooku y su maestro, Sidious, formó la Confederación de Sistemas Independientes como una coalición autónoma militarizada en contra de la República Galáctica, provocando un conflicto de tres años conocido como las Guerras Clónicas, que estalló tras dos años de la Crisis Separatista.
Durante las Guerras Clónicas, Gunray negoció con el senador de Rodia, Onaconda Farr, para que se uniera a su causa a cambio de la ayuda humanitaria y la protección que no había recibido de la República. No obstante, Gunray solo buscó ayudar a Farr a cambio de que engañara a su amiga, la ahora senadora Amidala de Naboo, para que acudiera a Rodia y fuera tomada en custodia Confederada. El plan de Gunray terminó fracasando y fue capturado por la República y dejado a cargo de la Maestra Jedi Luminara Unduli y la Padawan Ahsoka Tano. Dooku envió su acólita Asajj Ventress a que rescatara al Virrey de las fuerzas de la República. Junto con la ayuda del sobornado capitán Faro Argyus, el Virrey fue rescatado del Destructor Estelar Tranquilidad. La República siguió el rastro de la nave estelar que Gunray había usado para escapar, pero el Virrey y Dooku lograron retransmitir la señal hacia la residencia del General Grievous en la tercera luna de Vassek, tras lo cual tuvieron que reiniciar la búsqueda del Virrey.
En 19 ABY, el Consejo Separatista fue trasladado del planeta intercontinental de Utapau al mundo volcánico de Mustafar tras la muerte del Conde Dooku y el ascenso al poder Confederado de Grievous, que lideró el bastión Separatista en Utapau contra las fuerzas de la República, culminando en su derrota y muerte a manos del Maestro Jedi Obi-Wan Kenobi. Asumiendo entonces la posición de líder de la CSI, Gunray fue finalmente traicionado por Darth Sidious, que envió su aprendiz Darth Vader, bajo supuestas intenciones diplomáticas con miras a formar la paz entre Confederados y Republicanos, pero que realmente acudía a ellos para masacrar a la directiva de la coalición. Gunray fue el último miembro del Consejo en morir a manos de Vader, tras lo cual finalizaron formalmente las Guerras Clónicas y la Confederación se fragmentó en varios reductos.